Diariamente todos os equipamentos e processos são controlados utilizando-se amostras com resultados conhecidos. A avaliação é feita periodicamente com regras estatísticas.
O CEPAC possui contrato com Programa Nacional de Controle de Qualidade (PNCQ), patrocinado pela Sociedade Brasileira de Análises Clínicas desde 1998. O controle é realizado mensalmente com amostras desconhecidas, e recebe a avaliação externa o qual vem sempre recebendo a classificação, EXCELENTE.